Ξαφνικά και χωρίς καμία προφανή αιτία ο Στανωτάς τέθηκε σε αυτεπάγγελτη αποστρατεία, προαγόμενος σε αντιστράτηγο (6 Ιουνίου 1944). Παρά τη δικαιολογημένη πίκρα του, ο Στανωτάς έδωσε ένα ακόμη μάθημα πατριωτισμού υποβάλλοντας αναφορά διαθέσεως του έστω «..οπλίτου του Ιερού Λόχου».
